Первым директором института стал писатель и ученый-филолог Николай Георгиевич Доможаков. ученым секретарем института был назначен старший научный сотрудник сектора языка и письменности, канд. филол. наук Церен-Дорджи Номинханов. В составе небольшого коллектива были научные сотрудники института и члены Ученого совета Ф. Г. Исхаков, П. И. Каралькин, А. Т. Казанаков, М. А. Унгвицкая, В. П. Левашёва, В. И. Доможаков, А. А. Кенель и др. Большую помощь в организации научных исследований, подготовке первых изданий института оказали ученые Академии наук СССР: член-корреспондент АН СССР, профессор С. В. Киселев, доктор исторических наук Л. П. Потапов, кандидат исторических наук Л. Н. Евтюхова и др. Уже в первые годы существования Хакасский НИИЯЛИ совместно с центральными научными учреждениями проводил археологические, этнографические, фольклорные и лингвистические экспедиции. С начала организации в институте работали три сектора: языка и письменности, литературы и фольклора, истории и этнографии.
В разные годы руководили институтом и вносили вклад в развитие института директора кандидат филологических наук Николай Георгиевич Доможаков, кандидат филологических наук Дмитрий Иванович Чанков, кандидат исторических наук Степан Павлович Ултургашев, кандидат исторических наук Валентин Абрамович Асочаков, доктор исторических наук Яков Иванович Сунчугашев, доктор философских наук Гавриил Гаврилович Котожеков, доктор исторических наук Валентина Николаевна Тугужекова.
Сектор языка и письменности возглавил известный тюрколог Фазил Гарипович Исхаков. Его перу принадлежат 35 научных трудов и учебных пособий. При содействии Ф. Г. Исхакова были открыты национальная школа, отделения хакасского языка и литературы при Абаканском учительском институте. Впоследствии заведующими сектором были Ц.-Д. Номинханов, А. И. Инкижекова, У. Н. Кирбижекова, Д. Ф. Патачакова, Д. И. Чанков, М. И. Боргояков, О. П. Анжиганова, О. В. Субракова и др. Сектор языка проводил большую работу по унификации норм хакасского литературного языка. Сотрудниками сектора был подготовлен ряд научных работ, имевших большое практическое значение, в том числе "Орфография хакасского литературного языка", в написании которой принимали участие Ф. Г. Исхаков, Н. Г. Доможаков, А. Т. Казанаков и др. Большая заслуга в разработке вопросов орфографии принадлежала Дарье Федоровне Патачаковой. Для школ были изданы "Грамматика хакасского языка" (автор Н. Г. Доможаков), "Хакасско-русский словарь" (автор Д. Ф. Патачакова) и "Русско-хакасский словарь" (автор Ц.-Д. Номинханов), а также сборники произведений хакасских поэтов, сборники песен, героических сказаний.
Темой многих кандидатских диссертаций стали диалекты и говоры хакасского языка. Н. Г. Доможаков исследовал кызыльский диалект, в изучение бельтырского говора внесла значительный вклад кандидат филологических наук О. В. Субракова. Диалектам хакасского языка было посвящено также несколько сборников (1973, 1992 гг.). Сектор принял участие в составлении Диалектологического атласа тюркских языков СССР и Диалектологического атласа тюркских языков Сибири.
Важным достижением, итогом многолетних исследований является создание первой научной грамматики хакасского языка (Москва, 1975 г.), в работе над которой приняли участие Н. А. Баскаков, Г. Ф. Бабушкин, М. И. Боргояков, Г. И. Донидзе, А. И. Грекул, В. Г. Карпов, Д. Ф. Патачакова, Д. И. Чанков.
Продолжительное время сектором хакасского языка руководил известный тюрколог, доктор филологических наук Михаил Иванович Боргояков, внесший большой вклад в развитие хакасского языкознания. Он опубликовал более 60 научных трудов, в том числе монографии "Развитие падежных форм и их значение в хакасском языке" (Абакан, 1976), "Источники и история изучения хакасского языка" (Абакан, 1981).
В 1980-1990-е годы сектор продолжал изучение актуальных вопросов современного хакасского языка. Исследовались проблемы сложного предложения (кандидат филологических наук О. В. Субракова), структуры односложных корней и основ (А. С. Кызласов), хакасской гидронимии и оронимии (Р. Д. Сунчугашев), глагольной синонимии (И. С. Торокова) и др. Изданы сборники научных трудов "Исследования по современному хакасскому языку" (Абакан, 1980) и "Вопросы хакасского литературного языка" (Абакан, 1984).
Учитывая практические потребности школ, учебных заведений, печати, радио и телевидения, сектор подготовил "Русско-хакасский словарь лингвистических терминов" (1976). В 1988 г. вышло 4-е издание "Орфографического словаря хакасского языка". Издан "Хакасско-русский словарь" (2006), I том «Толкового словаря хакасского языка» (2021) . В настоящее время в секторе языка ведутся исследования в области лексики, морфологии, фонетики, синтаксиса хакасского языка, работает семь научных сотрудников: Р.П. Абдина, П.Е. Белоглазов, А.С. Кызласов, В.В. Субракова, К.В. Кичеева, Л.И. Чебодаева. Заведует сектором кандидат филологических наук И.М. Чебочакова. Большое внимание с момента основания института уделялось исследованиям в области хакасской фольклористики и литературоведения. Известно, что в фольклоре отражается историческое прошлое народа, хранится его мудрость, накопленная веками, шлифуется его художественный опыт. Чтобы сохранить это наследие, активно проводилась работа по сбору фольклорных произведений; были выявлены и взяты на учет все сказители, записан их репертуар. Созданный коллективными усилиями хакасской национальной интеллигенции рукописный фонд института по фольклору насчитывает в настоящее время сотни томов оригинальных текстов, донесенных до нас из глубины веков. Среди собирателей, внесших наибольший вклад в создание фольклорного фонда, надо назвать В. Е. Майногашеву, Д. И. Чанкова, П. А. Троякова, Т. Г. Тачееву, В. И. Доможакова, А. А. Кенеля, А. К. Стоянова и др.
Большая работа по сбору и изучению фольклора проведена кандидатом филологических наук В. Е. Майногашевой. За годы работы в институте она организовала семь фольклорных экспедиций, записала 25 героических сказаний. Работая как собиратель, аналитик, текстолог и переводчик, она написала более 100 научных и научно-методических работ, в том числе монографию (в соавторстве с М. А. Унгвицкой) "Хакасское народное поэтическое творчество", в которой впервые дана характеристика, классификация и периодизация жанров хакасского фольклора. Но основное направление в работе В. Е. Майногашевой — подготовка к публикации произведений героического эпоса, которая требует глубоких знаний, кропотливой исследовательской работы. Вышедший в 1988 г. в издательстве "Наука" (серия "Эпос народов СССР") "Алтын-Арыг" является фундаментальным трудом, которым пользуются в научных кругах многих стран мира. В. Е. Майногашевой подготовлен и издан в 1997 г. героический эпос "Ай-Хуучин" в серии "Памятники фольклора народов Сибири и Дальнего Востока". Определенный вклад в изучение хакасского фольклора внес заведующий сектором литературы, кандидат филологических наук П. А. Трояков. Им подготовлено более 30 работ, в том числе ряд теоретических статей, изданных в центральных академических журналах, а также книги "Героический эпос хакасов" (Абакан, 1991); "Истоки чудесного вымысла. Сравнительное изучение сказочного творчества хакасов" (Абакан, 1991).
В настоящее время в секторе фольклора ведутся исследования в области эпоса – алыптыг нымаха, хакасских народных сказок, начато издание серии «Фольклорное наследие хакасского народа. Эпос». Работают научные сотрудники: Н.В. Майнагашева, Ю. И. Чаптыкова, Е.С. Торокова. Возглавляет сектор кандидат филологических наук Н. С. Чистобаева.
В целом работы фольклористов свидетельствуют о том, что у хакасов в прошлом была собственная, самобытная духовная культура, и они делают эту культуру достоянием широкой общественности.
Литературоведами института (М. А. Унгвицкой, П. А. Трояковым, К. Ф. Антошиным, Т. Г. Тачеевой, У. Н. Кирбижековой, А. Г. Кызласовой и др.) исследовались закономерности развития хакасской литературы, ее жанров, проблемы становления реализма, вопросы взаимосвязи устного поэтического творчества и современной хакасской литературы, творчество отдельных писателей. Сотрудники сектора принимали участие в подготовке разделов пятитомной "Истории советской литературы".
Накопленный в результате исследований материал позволил подготовить и издать коллективную обобщающую работу "Очерки истории советской хакасской литературы". В 2011 г. сотрудниками сектора издана «История хакасской литературы». Н.С. Майнагашева является одним из авторов учебного пособия для классических университетов России «Литература народов России» (2016, 2019). В настоящее время в секторе литературы работают научные сотрудники кандидаты филологических наук Л.В. Челтыгмашева, А.С. Чочиева, доктора филологических наук А. Л. Кошелева, В.А. Карамашева.
С начала существования ХакНИИЯЛИ в нем действовал сектор истории и этнографии. Уникальным человеком был заведующий сектором, кандидат биологических наук Альберт Николаевич Липский. В 1943 г. он приехал в Хакасию по рекомендации профессора Е. Ф. Дебеца с целью проведения палеонтологических исследований на Среднем Енисее. Тогда ему было 53 года. Почти 30 лет жизни на земле Хакасии А. Н. Липский посвятил изучению ее древнего прошлого.
В последующие годы сектором заведовали П. И. Каралькин, Н. С. Мартынов, К. Г. Чаптыков, К. М. Патачаков, В.А. Асочаков, Я. И. Сунчугашев, Д. М. Карачаков и др. В настоящее время сектор истории возглавляет кандидат исторических наук Т.А. Кискидосова.
В секторе истории института долгое время работал В. Я. Бутанаев, доктор исторических наук, профессор, многие годы заведовавший кафедрой археологии, этнографии и истории Института истории и права ХГУ им. Н. Ф. Катанова. С самого начала своей деятельности сектор истории проводил исследования совместно с ведущими научными центрами страны, в том числе Сибири. Особенно ярко это проявилось в этнографическом и археологическом изучении Сибири и Хакасии.
С 1946 г. с ХакНИИЯЛИ сотрудничал член-корреспондент АН СССР, профессор Борис Клементьевич Пашков, в частности было проведено несколько совместных этнографических экспедиций по изучению фольклорного наследия коренного населения Хакасии. В 1954–1956 гг. институт выступил в качестве одного из инициаторов и организаторов раскопок Большого Салбыкского кургана скифского времени – самого большого кургана Хакасии, которые возглавил С. В. Киселев.
В постоянном контакте с сектором истории работал в течение многих лет профессор Московского государственного университета, первый доктор исторических наук из хакасов Леонид Романович Кызласов. Под его руководством в 60–80-е годы на территории Хакасии активно работала археологическая экспедиция МГУ. В результате были сделаны важные открытия, касающиеся эпохи камня, бронзы, древнехакасской государственности, средневековой культуры хакасов. Материалы этой экспедиции (наряду с данными других археологических экспедиций) стали одним из основных источников для "Истории Хакасии с древнейших времен до 1917 года".
С 1960 г. сектор истории работает в тесном контакте с Объединенным институтом истории, филологии и философии СО РАН. Под руководством таких известных ученых как А. П. Окладников, А. П. Деревянко, В. В. Алексеев, В. Л. Соскин, Н. Я. Гущин, И. И. Комогорцев, В. А. Ламин и многих других, в секторе готовились кандидатские и докторские диссертации, издавались крупные обобщающие исследования, проводились научные конференции.
Основная научная проблематика сектора истории – разработка проблем исторического развития Хакасии и сопредельных территорий, традиционной культуры хакасов. Среди конкретных проблем, изучаемых сотрудниками сектора можно отметить внешнеэкономические контакты населения Хакасии в древности и средневековье, народное искусство в традиционной культуре хакасов, присоединение Хакасии к России, формирование хакасской народности в XVIII-XIX веках, вопросы истории городского населения Приенисейского края XIX – начала XX веков. Сотрудники сектора – А.А. Бурнаков, кандидаты исторических наук В.К. Чертыков, В.А. Печерский, Е.В. Самрина, доктор исторических наук В.А. Кышпанаков.
В феврале 2008 г. из сектора истории выделен самостоятельный сектор археологии. Археологическое изучение древней истории Хакасии и сопредельных территорий Центральной Азии и Южной Сибири являлось одним из важных направлений деятельности ХакНИИЯЛИ с момента его создания. Длительное время археологические исследования в институте проводил Яков Иванович Сунчугашев – известный ученый, заслуженный деятель науки РХ, первый лауреат Государственной премии РХ им. Н. Ф. Катанова. Научные результаты археологических исследований нашли отражение в 6 монографиях по древней металлургии и орошаемому земледелию Хакасии, в серии научных сборников по проблемам археологии и этнографии Хакасии и Южной Сибири, в которых также публиковались работы ведущих российских специалистов в данной области знаний. Сегодня сектором заведует кандидат исторических наук О.В. Ковалева.
С целью проведения исследований по проблемам экономики, промышленности, сельского хозяйства, производственной и социальной инфраструктуры, повышения уровня жизни населения Хакасии и юга Красноярского края в 1977 г. был образован сектор экономики (ныне сектор экономики и социологии). Первый его заведующий Виктор Львович Бобровник имел большой опыт хозяйственной и партийной работы.
Сектор работал в тесном взаимодействии с Обл- и Крайпланом, Крайстатуправлением, другими ведомствами Хакасии и Красноярского края. Значительный вклад внесли его сотрудники в решение вопросов рационального формирования Саянского территориально-производственного комплекса.
С начала образования сектора экономики велась активная работа по повышению профессионального уровня научных сотрудников. Налаживались тесные связи с ведущими научными учреждениями страны, в том числе с Советом по изучению производительных сил при Госплане СССР, Институтом экономики и организации промышленного производства СО АН СССР, Сибирским научно-исследовательским институтом экономики сельского хозяйства СО ВАСХНИЛ и др.
За годы деятельности сектора получили ученые степени Владимир Алексеевич Кышпанаков — кандидат экономических наук и доктор исторических наук, Л. Анжиганова, доктор философских наук, П.П. Бурнаков, кандидат экономических наук, Г.М. Шапошников, кандидат экономических наук, В.К. Шулбаев, кандидат экономических наук. В настоящее время на базе сектора экономики и социологии ведутся социологические исследования коренных народов Сибири, в том числе и хакасов. Сектором заведует кандидат философских наук И.Н. Трошкина.
С 1 сентября 1999 г. на базе ХакНИИЯЛИ функционирует лаборатория этнопсихологии, которую возглавлял кандидат психологических наук В.С. Топоев. Цель создания лаборатории — изучение психологии коренного этноса Хакасии в условиях современной экономической и политической ситуации.
В 2002 г. на базе научной библиотеки был создан рукописный фонд с целью сохранения рукописного наследия института, собранного за годы его существования. Для этих целей был выделен специальный кабинет. Рукописное наследие института, прежде всего, представлено материалами этнографических, лингвистических, фольклорных экспедиций, которые собирали сотрудники института самостоятельно и в составе академических экспедиций. Только фонд хакасских героических сказаний составляет более 200 рукописей, которые требуют дальнейшей работы с ними – художественного и научного перевода и издания.
В последние годы ученые института ведут исследования по следующим фундаментальным направлениям: археологические исследования Южной Сибири; история Хакасии в новый и новейший периоды; экономические и социальные проблемы развития Республики Хакасия как субъекта Российской Федерации; формирование, развитие и современное функционирование хакасского языка; жанрово-стилистическое своеобразие хакасской литературы, хакасская литература и современный литературный процесс, проблемы жанров и специфики хакасского фольклора.
На протяжении многих лет ХакНИИЯЛИ занимается научными исследованиями в области историко-культурного наследия региона, обеспечивает выработку научных, методологических и методических рекомендаций для государственных органов, предприятий, организаций и учреждений Республики Хакасия. В 2022 г. принят Закон Республики Хакасия «О Хакасском научно-исследовательском институте языка, литературы и истории» (№17-ЗРХ от 08.04.2022), который определил правовое положение, цели, направления деятельности и специальную задачу ХакНИИЯЛИ, а также – органы управления и порядок финансового обеспечения его деятельности.